日本明治維新前的江戶時代是個閉關鎖國的時期，掌握政權的幕府為抵制基督教的傳入，與已經來日本活動的西班牙、葡萄牙斷絕來往，并将荷蘭的商館（“阿蘭陀館）遷到長崎的出島，把對西方的貿易僅限于這裡，從而完成了鎖國體制。
孤島上泛起的蘭學潮
出島是1634年幕府為隔離外國人而建的扇形人工島，面積有一萬多平方米，以石橋與長崎市區相連。橋邊有警衛所，由士兵把守，不準人自由出入。島的北面臨海，有兩扇堅固的門，除荷蘭船來時開門外，一般不開。全島圍以高高的杉木闆牆，牆上設有雙層槍刺。島内有寬廣的十字形街道，把出島分成四個區。街道兩旁建造兩層的木屋，樓下做倉庫，樓上住人。為了調劑生活，島上的荷蘭人會飼養一些家禽、家畜，還玩紙牌和桌球這樣的遊戲。荷蘭船每年來一次長崎，停留期間荷蘭人受到嚴密的監視。船離開後留下的荷蘭人也沒有行動自由，一年隻允許到外面去一兩次，參觀寺廟神社。規模較大的外出是去江戶（東京）谒見幕府将軍，贈送禮物，聯絡感情，稱為“江戶參府”。
在荷蘭商館遷到出島的二百多年間，來日本的荷蘭人大多沒有什麼學問，但也來過一些真正的學者，他們是西方學術（因其用荷蘭語傳授而稱“蘭學”）在日本的主要傳播者。肯普費爾是個德國人，在荷蘭東印度公司任職，1690年到出島擔任荷蘭商館的醫生。他來這裡的目的是研究日本，盡可能與當地人接觸以了解情況。“我們盡量與每天見面的日本翻譯和出島的官員保持接觸……我們提出善意的建議，或以醫藥對日本人作出貢獻，或教給他們天文學和數學知識，還大量贈送歐洲産的酒，以換取對政治、宗教、習慣等的自由提問，特别是在單獨談話時還講些秘密的事。這種秘密知識作為我計劃寫的日本史素材大有裨益，但這還不夠讓人滿意，如果沒有其他好機會和取得一位有才能的青年的幫助，我的計劃還是不能完成。那位青年24歲，精通漢語。自到長崎後他一直作為仆人在我身邊。他的目的是跟我學醫……盡管如此，我不教他荷蘭語還是不能達到目的。通過一年學習，他掌握了荷蘭語，比任何一個日本翻譯都講得流利。”
對蘭學的發展起了推動作用的還有幕府将軍。德川幕府的第八代将軍德川吉宗是個很有進取心的人。他為了引進西方學術，派人去學荷蘭語，開創了蘭學興起的機運。他引進西方學術的方法，一是從荷蘭進口科學器械，或是請荷蘭人來講授，二是親自問來江戶參府的荷蘭人，或是派人去出島詢問。他熱心蘭學不是出于好奇，而是為了實用。關心天文是為制定正确的曆法，引進西醫則是為了百姓的健康。
上有好者下則效之。一時間異國趣味流行，人們對從荷蘭來的儀器物品一律收買，産生了一股賞玩的風氣。有人以與荷蘭人談話為榮，許多士人競相向荷蘭人求教。這些人被稱為“蘭癖家”，即愛好荷蘭趣味的人。有本叫《蘭學事始》的書記述道：“社會上盛行奢華，荷蘭船每年帶來天氣表、寒暑表、震雷表、水液輕重清濁表、暗室照相鏡、現妖鏡、觀日玉、呼遠筒等各種儀器，其他各種時鐘、千裡鏡及玻璃工藝品之類不計其數。人們為這些奇巧的東西動心，歎服其窮理之微妙。這樣每年春天江戶參府時，荷蘭人的宿舍裡便聚集着許多人。”
蘭學的内容有醫學、博物學（動植物學）、天文、數學、物理、化學、地理、兵學等。下面就以解剖學著作《解體新書》的翻譯和西博爾德在日本的活動為例來說明蘭學的影響。
杉田玄白與《解體新書》
醫學是受蘭學影響較大的學科，而日本的古醫術與西洋近代醫學的一個重要區别是是否進行解剖。1754年，日本醫生山脅東洋在京都的監獄參與解剖了一個被處決的死刑犯人。由屠夫執刀，他在旁觀看，事後寫了《藏志》一書，附以彩圖，叙述解剖的具體細節。
後來在解剖學上作出重要貢獻的人是杉田玄白。他家世代以荷蘭外科為業。不過當時的荷蘭外科主要是從出島的荷蘭醫生那裡學來的膏藥治療法。杉田玄白對此并不滿足，還想更進一步學習真正的外科，并産生了翻譯荷蘭書的念頭：“近來所見所聞，荷蘭實測窮理之事何等可歎。如果直接将這些圖書譯成日文，定能取得格外的好處。”1771年春，玄白從去江戶參府的荷蘭商館醫生柯特維克手中得到了德國人克魯姆斯著《解剖學圖譜》的荷蘭語譯本。這年3月4日，杉田玄白與前野良澤等人在刑場解剖屍體，發現書中的解剖圖與解剖的屍體相比完全一緻，确信這本書的可靠。前野良澤也是醫家出身，他的荷蘭語水平較高，曾拜長崎的著名翻譯家吉雄耕牛為師。
第二天早晨，他們商議後決定翻譯《解剖學圖譜》，譯書定名為《解體新書》。杉田玄白對那天的事有這樣的記述：“次日集于良澤家，互語前日之事，乃共對《解剖學圖譜》之書，如乘無舵之舟泛于大海，芒洋無可倚托，但覺茫然而已。唯良澤對于此道向曾留意，遠赴長崎，略知蘭語并章節語脈間，年長于予者十歲，乃定為盟主，亦即奉為先生。”
盡管有前野良澤粗通荷蘭語，翻譯過程仍是充滿了艱辛，譯者對原文經常是“讀之不解”。 杉田玄白回憶：“一日讀至鼻者佛耳黑芬特者也，此語亦不可解，衆共讨索此應作何解，實無法可通。其時亦無字典之類，唯良澤從長崎購得一簡略小冊，共檢之，在Verh ffend一語下注雲，樹枝斷處，其處佛耳黑芬特，又掃院落時，塵土聚集而佛耳黑芬特也。此是何義，又苦思強解如前，亦終未明。予思樹枝斷處接合則稍高，又掃地時塵土積聚亦成堆，鼻在面上正是堆起之物，然則佛耳黑芬特或即堆積之意。予遂言此語譯作堆積何如，衆人聞言甚以為然，遂決定如此譯。此時喜悅之情無可比喻，大有獲得連城之璧之概焉……然語有之，為事在人，成事在天，如此苦心勞思，辛勤從事，每月凡六、七會，每會必集，一無倦怠，相聚譯讀，所謂不昧者心，凡曆一年餘，譯語漸增，對于彼國事情亦漸自了解，其後如章句疏朗處一日可讀十行以上，别無辛勞而能通其意義矣。”在前野良澤家的這一譯事經過一年多，前後11稿，終于完成。這是日本西學譯書之始，也是蘭學的标志性成果。
《解體新書》的問世開啟了日本人注重科學實證研究的風氣。此後人體解剖成了尋常之事。在京都“解剖場于京西刑場，假作草廬一間，以待風雨。南北三步，東西五步，正中安屍于大俎上。執刀者圍之，執事者在後及左，觀者在前及右。每一髒一器出，說辨者辨之，書記者記之，圖像者圖之，一日一夜乃終業。”
西博爾德的繡球花之戀
西博爾德與肯普費爾一樣原本都是德國人，學醫出身，後去荷蘭軍隊當軍醫，19世紀初受荷蘭政府委派去日本進行學術調查，身份也是荷蘭商館醫生。他的醫術高明，治好了當地官員的病，獲得優待，可以采草藥為名離開出島在長崎範圍内活動。1824年，他獲準在長崎郊外的鳴泷開設“鳴泷塾”，當作診所兼學校，為當地人看病，同時用荷蘭語講授西洋最新的醫學和博物學知識，來學習的多是日本熱心蘭學的青年精英。
1826年2月，西博爾德得到了四年一次随荷蘭商館人員江戶參府的機會。他們曆經月餘到達江戶。西博爾德利用這次機會，做了大量筆記，詳細記錄沿途所見的風土人情和交通物産。日本的風景和植物給他留下了深刻的印象，他在日記中寫道：“何其豐盛的山林，何等壯麗的寺廟林苑！火山頂的綠林如詩如畫，常綠的橡樹、杉樹、月桂何等茂盛！”他廣泛收集各種資料，特别是他鐘愛的動植物。為了更詳盡準确地搜集資料，他向荷蘭政府提出資金資助和派遣助手、畫師的請求，很快得到批準，派來了藥劑師和畫家維勒涅菲，為他搜集的動植物做專業精細的繪圖。
到日本不久，年青單身的西博爾德就愛上了前來就醫的商人之女楠本泷，并與她結婚。1827年他們的女兒稻出生，西博爾德親自接生。第二年他結束使命，準備回國，與妻子約定三年後再來日本。就在這時發生了著名的“西博爾德事件”。他乘的船出港時遭遇風暴觸礁，上船檢查的江戶官員發現他的行李中有被政府禁止攜帶的日本地圖和印有德川家康家族徽記的衣物。西博爾德被禁止離開出島，後被抄家審訊。這年11月，為他提供地圖的學者高橋景保、随行翻譯和不少門生都被捕入獄，高橋景保死在獄中。1829年，門生均被釋放，他則被判永久驅逐出境。所幸除被禁物品沒收外，他精心搜集的7000多件動物标本、上萬件植物标本和兩千件活植物安全運到了荷蘭。到年底，楠本泷帶着兩歲的女兒稻在長崎港口與他告别。1831年，楠本泷寫信給西博爾德，告訴他自己已與一個商人結婚。他們的女兒高鼻深目，非常美貌，成年後随父親的門生學醫，後來成為日本女醫之母，擔任宮中的産科醫生。
回到荷蘭，西博爾德在萊頓大學任職。他忍受着遠離妻女的痛苦，埋頭著書以排遣寂寞，先後出版了《日本》、《日本植物志》、《日本動物志》等書。西博爾德特别喜歡在長崎多見的繡球花，這種花現在是長崎的市花。他的《日本植物志》中收有八種不同的繡球花。為了紀念妻子，他把一種淡紫色的大繡球花以妻子泷的名字命名。在日本繡球花有粉色、紫色、白色等顔色，但多為藍色。西博爾德認為日本的繡球花多為藍色的原因是日本的土壤多為酸性土質。而繡球花從開花到花謝顔色多變，常被人比喻為善變的心。
回歐洲獨身15年後，西博爾德再婚，育有三男二女。1854年，日本結束鎖國，對外開放海禁。1859年，他作為荷蘭貿易商社的顧問再次來到日本，終于見到了闊别30年的家人。他一直保存着妻子和女兒的頭發。他又在鳴泷授課，教授女兒和其他門徒，所教内容仍是醫學和博物學。幾年後他回國，1866年在德國的慕尼黑去世。
1879年，日本人在長崎公園建立了施福多（即西博爾德）紀念碑。碑文稱：“使歐洲各國知有日本者，施君之功也。日本知有歐洲各國者，亦施君之功也。蓋我邦絕交外國也久矣。自君來我國，我國之名，大顯于彼；而彼之交際制度學術，始得其要焉。君巴威裡（巴伐利亞）貴族，博學多才，并長醫術，以我文政六年初到長崎。醫療之暇，觀我風土民俗，通報之于歐洲，而平素留意植物，移栽之其本國五百餘種，相土雍殖，如此三十餘年，我邦草木終遍歐洲。而其學徒言日本植物者，皆宗施君雲。即馴緻今日之文化者，其功竟不得不分諸施君也。歐洲學者稱君，為發見日本于學術上之人，詢不誣矣。”對西博爾德在東西方文化交流中的貢獻給予了極高的評價。